小咖带领神奇的咖宝伙伴再次出发，一起守护时空。在这一季中，来自宇宙的外星人们带来全新的危机与挑战，它们偷走红色制造城市大乱、吸收海水严重影响生态、抢夺动物危害自然生命，还为了得到黄金而夺走人类的各种资源，甚至还与捣蛋兄妹结盟四处作乱，小咖和咖宝们每一次都果断出击，化解各种危机，他们又回到过去拯救远古生命、维护时空稳定，对付偷猎者、盗窃集团、诈骗分子和黑心商人，以及守护人们、动物们的安全和快乐，时刻保卫身边世界的和平与安宁。
女娲使用光明之土造出了率真善良，豪爽正义的龙娃。又用光明之水造出了英姿飒爽，温柔可爱的凤娃，龙娃和凤娃视女娲为他们的母亲。天空中出现了巨大的黑洞，整个人界即将面临灭顶之灾，女娲煮化了五色石，试图填补漏洞，却将龙娃和凤娃也封印在了天上，从此母子被迫分离。伤心的女娲日日思念自己的孩子们，流出的眼泪汇聚在大地之上成为了黄河。
小师爷是生长在江南古镇——绍兴的天才儿童，受师爷文化和父亲——老师爷的影响，立志做一名顶天立地，为国为名的大师爷。 绍兴历年来都有公祭大禹的传统，这一年京城传来消息，皇上要亲临绍兴参加祭禹大典，届时将邀请各国使臣共同见证盛大仪式，京城特派神勇大将军张不狂提前赴绍监督各方面的准备工作。大将军因为小师爷的机智，特选中他协助自己的各项准备工作。在神勇大将军和机智勇敢的小师爷的配合下，绍兴城各方面的准备工作井然有序地进行起来。
