距今50多年前，一艘来自赛博坦的飞船坠落月球，由此引发了美苏两国的太空竞赛。人类争相登上月球，只为一探飞船残骸中的秘密。时间回到21世纪初，经过几番征战，汽车人终于挫败霸天虎的入侵，继而与人类合作，共同保卫美丽的地球。然而发生在切尔诺贝利的事件却将尘封已久的月球计划重新摆到桌面。为了防止霸天虎找到能量柱为非作歹，擎天柱与战友飞赴月球，更从当年的飞船中救出了汽车人的先代领导者——御天敌。御天敌是能量柱的发明者，将上百根能量柱集合在一起便可制造太空桥，实现物质的瞬间传送。

　经过艰苦的激战，汽车人夺回饱经战火的母星赛博坦。擎天柱表彰了大黄蜂等部下的功勋，随即和千斤顶踏上了前往宇宙深处寻找火种源的漫长之旅。另一方面，宇宙大帝唤醒沉睡在海底的威震天（Frank Welker 配音），对他的力量进行升级，以期消灭普神，创造混沌纪元。拥有光速的威震天，气势汹汹向赛博坦逼近。与此同时，大黄蜂等人一面进行赛博坦的复建工作，一面防备红蜘蛛和震荡波等人的侵袭。谁知此时，两只巨狰狞的出现让一切陷入混乱。似乎感受到霸天虎的衰落，拥有原始兽性的巨狰狞冲云霄蠢蠢欲动，为祸四方。赛博坦黎明的前夕，和平远远未曾到来，最可怕的远古军团即将复活…

擎天柱派热浪、追踪、刀锋、巨石到狮鹫岛，让他们分别伪装成消防车、警车、直升机和推土机，帮助狮鹫岛的人民度过一个又一个难关。这个秘密起先只有查理伯恩斯警长知道，但是机灵的柯迪伯恩斯很快就发现了这个秘密，之后凯德伯恩斯、格雷伯恩斯和达妮伯恩斯也相继知道了援救汽车人的存在。但是为了不引起狮鹫岛人民的恐慌，他们一家以人类与机器人两两组合的 形式隐瞒了这个惊天的秘密。之后，援救汽车人和伯恩斯一家从互相排斥，到通力合作，守护狮鹫岛人民。其中，由于援救汽车人的自我意识，引起了许多啼笑皆非的有趣故事。

博派现在必须和极限动物并肩对抗狂派，狂派则与掠食金刚联手，拼命找寻下落不明的火种源。然而，黄金光碟却掌握在掠食金刚的手中，这款难以捉摸的文物不仅跟密卡登切身相关，还能赋予他强大的优势，用来压制死对头柯博文。这场最终之战将决定赛博坦的未来，究竟哪一派人马能胜出？